平成18年度税制改正において、「三位一体改革の税源移譲に伴う住宅ローン減税効果の確保に係る個人住民税の特例措置」が創設されています。
住民税の住宅ローン控除制度導入の経緯
国から地方への税源移譲によって、国税である所得税が少なく、地方税である住民税が多くなります。所得税と住民税の合計負担額は、移譲前と移譲後で変化が無いよう調整されます。
ただし所得税にのみ適用されていた住宅ローン控除においては、所得税の金額によって、所得税額が少なくなることにより控除額も減ってしまう場合があります。
この影響に配慮するために、平成19年分以降の所得税において住宅借入金等特別税額控除の適用がある者
(平成11年から平成18年までに入居した者に限る) のうち、所得税で措置している住宅ローン減税の控除額が税源移譲に伴い減少する者を対象として、平成19年以降の各年の影響額について、翌年度分の個人住民税を減額するという特例措置が設けられました。
住民税の住宅ローン控除の申請について
この辺りは皆様ご承知の所でしょうが、忘れてしまいそうなのが適用を受けるためには、以下の方法で住宅ローン控除の申告書を提出する（例えば平成20年度から適用を受けたい場合は、平成20年3月17日までに市区町村に住民税の住宅ローン控除の申請を提出する）必要があります。
間近になれば、また話題になるかと思いますが、特に毎年確定申告をされていない方、特例措置の適用を受けたい場合はお忘れなく。
・確定申告書を提出される方→平成19年分の確定申告書と一緒に住民税の住宅ローン控除の申告書を提出する。
・その他（年末調整を済ませているなど）の方→3月15日まで（期限後の申告については、特別徴収税額決定通知書または納税通知書が到達するまで）に市区町村に住宅ローン控除の申告書を提出する。
（国土交通省 平成18年度 税制改正要望 主要項目結果概要）